Além de pesquisas individuais, o Cedeplar desenvolve diversos projetos institucionais. Criado como centro de estudos e pesquisas de Economia Regional, a par de conservar e ampliar essa tradição, o Cedeplar diversificou suas linhas de pesquisa, incorporando as problemáticas demográfica e econômica em seus múltiplos aspectos. Estas linhas abrangem ainda as interfaces da Economia e da Demografia com outras disciplinas, especialmente as das áreas de saúde e meio-ambiente. Entre os muitos exemplos desta abordagem, podemos citar o projeto de treinamento e pesquisa em "Biodiversidade, População e Economia" - financiado pelo Banco Mundial, através do Programa de Desenvolvimento Tecnológico e Científico Brasileiro, e desenvolvido em conjunto com o Programa de Mestrado em Estudos Ambientais da UFMG -, bem como o projeto "Meio-Ambiente e Saúde" - financiado pela Rockefeller Foundation, e que objetiva o entendimento das relações entre o uso da terra e saúde na Amazônia brasileira.

As linhas temáticas seguidas pelos estudos e pesquisas do CEDEPLAR incluem também as áreas de Economia Regional e Urbana, nas quais foram desenvolvidas pesquisas conjuntas com as Universidades de Rutgers (EUA), Kobe e Kanazawa (Japão) e Nacional de Seul (Corea do Sul), com a finalidade de estudar os impactos regionais das mudanças tecnológicas, especialmente do surgimento dos novos distritos industriais.

Além disso, são desenvolvidos projetos em Demografia Histórica de Minas Gerais, História Econômica, Processo de Trabalho e Tecnologia, Trabalho Feminino, Economia Brasileira e Mineira, Economia Internacional, Economia Monetária e Financeira, Economia Política e Realidade Feminina.

Vale ressaltar o caráter interdisciplinar que as pesquisas executadas no CEDEPLAR vem assumindo ao longo do tempo, refletindo um enfoque de há muito perseguido pela instituição.